始皇逝世的消息被封锁了，文武百官都不知道。这时丞相李斯、公子胡亥、中车府令赵高，经常侍奉在秦始皇左右。赵高平常就得到胡亥的宠幸，打算立胡亥继承皇位，又怨恨蒙毅依法惩处他而没有袒护他，于是就产生了杀害之心。就和丞相李斯、公子胡亥暗中策划，拥立胡亥为太子。太子拥立之后，派遣使者，捏造罪名，拟定公子扶苏和蒙恬死罪。扶苏自杀后，蒙恬产生怀疑，又请求申诉。使者就把蒙恬交给主管官吏处理，另外派人接替他的职务。胡亥用李斯的家臣担任护军。使者回来报告时，胡亥已经听到扶苏的死讯，当下就打算释放蒙恬。赵高唯恐蒙氏再次显贵当权执政，怨恨他们。
蒙毅祈祷山川神灵后返回来，赵高趁机表示替胡亥尽忠献策，想要铲除蒙氏兄弟，就对胡亥说：“我听说先帝很久以前就选贤用能，册立您为太子，而蒙毅劝阻说：‘不可以。’如果他知道您贤明有才能而长久拖延不让册立，那么，就是既不忠实而又蛊惑先帝了。以我愚昧的浅见，不如杀死他。”胡亥听从了赵高的话，就在代郡把蒙毅囚禁起来。在此以前，已经把蒙恬囚禁在阳周。等到秦始皇的灵车回到咸阳，安葬以后，太子就登极即位做了二世皇帝，赵高最得宠信，日日夜夜毁谤蒙氏，搜罗他们罪过，检举弹劾他们。
子婴进言规劝说：“我听说过去赵王迁杀死他的贤明臣子李牧而起用颜聚，燕王喜暗地里采用荆轲的计谋而背弃秦国的盟约，齐王建杀死他前代的忠臣而改用后胜的计策。这三位国君，都是各自因为改变旧规丧失了他们的国家而大祸殃及他们自身。如今蒙氏兄弟是秦国的大臣和谋士，而国君打算一下子就抛弃他们，我私下认为是不可以的，我听说草率考虑问题的人不可以治理国家，独断专行、自以为是的人不可以用来保全国君。诛杀忠良臣子而起用没有品行节操的人，那是对内使大臣们不能相互信任而对外使战士们涣散斗志啊，我私下认为是不可以的。”
胡亥听不进子婴的规劝。却派遣御史曲宫乘坐驿车前往代郡，命令蒙毅说：“先主要册立太子而你却加以阻挠，如今丞相认为你不忠诚，罪过牵连到你们家族，我不忍心，就赐予你自杀吧，也算是很幸运了。你反复地考虑吧！”蒙毅回答说：“要是认为我不能博得先主的心意，那么，我年轻时做官为宦，就能顺意得宠，直到先主仙逝，可以说是能顺应先主的心意了吧。要是认为我不了解太子的才能，那么唯有太子能陪侍先主，周游天下，和其他的公子比起来，相差太远了，我还有什么怀疑的。先主举用太子，是多年的深思积虑，我还有什么话敢进谏，还有什么计策敢谋划呢！不是我借口来逃避死罪，只怕牵连羞辱了先主的名誉，希望大夫为此认真考虑，让我死于应有的罪名。况且顺理成全，是道义所崇尚的；严刑杀戮，是道义所不容的。从前秦穆公杀死车氏三良为他殉葬，判处百里奚以不应得的罪名，因此，他死后给予评定为‘缪’的称号。昭襄王杀死武安君白起，楚平王杀死伍奢。吴王夫差杀了伍子胥。这四位国君，都犯了重大的过失，而遭到普天下人对他们的非议，认为他们的国君不贤明。因此，在各诸侯国中声名狼藉。所以说：‘用道义治理国家的人，不杀害没罪的臣民，而刑罚不施于无辜的人身上。’希望大夫认真地考虑！”使者知道胡亥的意图，听不进蒙毅的申诉，就把他杀了。
二世皇帝又派遣使者前往阳周，命令蒙恬说：“您的罪过太多了，而您的弟弟蒙毅犯有重罪，依法要牵连到您。”蒙恬说：“从我的祖先到后代子孙，为秦国累积大功，建立威信，已经三代了。如今我带兵三十多万，即使是我被囚禁，但是，我的势力足够叛乱。然而，我知道必死无疑却坚守节义，是不敢辱没祖宗的教诲，不敢忘掉先主的恩宠。从前周成王刚刚即位，还不能完全脱离小儿的背带和布兜，周公姬旦背负着成王接受群臣的朝见，终于平定了天下。到成王病情严重得很危险的时候，公旦剪下自己的指甲沉入黄河，祈祷说：‘国君年幼无知，这都是我当权执政，若有罪过祸患，应该由我承受惩罚。’就把这些诗词书写下来，收藏在档案馆里，这可以说是非常诚信了。到了成王能亲自治理国家时，有奸臣造谣说：‘周公旦想要作乱已经很久了，大王若不戒备，一定要发生大的变故。’成王听了，就大发雷霆，周公旦逃奔到楚国。成王到档案馆审阅档案，发现周公旦的祷告书，就流着眼泪说：‘谁说周公旦想要作乱呢！’杀了造谣生事的那个大臣，请周公旦回归。所以《周书》上说：‘一定要参差交互地多方询问，反复审察。’如今我蒙氏宗族，世世代代没有二心，而事情最终落到这样的结局，这一定是谋乱之臣叛逆作乱、欺君罔上的缘故。周成王犯有过失而能改过振作，终于使周朝兴旺昌盛；夏桀杀死关龙逢，商纣杀死王子比干而不后悔，最终落个身死国亡。所以我说犯有过失可以改正振作，听人规劝可以察觉警醒，参互交错地审察，是圣明国君治国的原则。大凡我说的这些话，不是用以逃避罪责，而是要用忠心规劝而死，希望陛下替黎民百姓深思熟虑地找到应遵循的正确道路。”使者说：“我接受诏令对将军施以刑罚，不敢把将军的话转报皇上听。”蒙恬沉重地叹息说：“我对上天犯了什么罪，竟然没有过错就处死呢？”很久，才慢慢地说：“我的罪过本来该当死罪啊。起自临洮接连到辽东，筑长城、挖壕沟一万余里，这中间能没有截断大地脉络的地方吗？这就是我的罪过了。”于是吞下毒药自杀了。
太史公说：我到北方边境，从直道返回，沿途实地观察了蒙恬替国修筑的长城和边塞堡垒，挖掘山脉，填塞深谷，贯通直道，本来就是不重视百姓的人力物力。秦国刚刚灭掉其他诸侯的时候，天下人心尚未安定，创伤累累尚未痊愈，而蒙恬身为名将，不在这时候尽力谏诤，赈救百姓的急难，恤养老人，抚育孤儿，致力从事于百姓安定生活的工作，反而迎合始皇心意，大规模地修筑长城，他们兄弟遭到杀身之祸，不也是顺理成章的事吗？哪里是什么挖断地脉的罪过呢？
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