汉王领兵东进,平定三秦,萧何以丞相的身份留守治理巴蜀,安抚民众,发布政令,供给军队粮草。汉二年(前205),汉王与各路诸侯攻打楚军,萧何守卫关中,侍奉太子,治理栎阳。制定法令、规章,建立宗庙、社稷、宫室、县邑,萧何总是禀报汉王,得到汉王同意,准许施行这些政事;如果来不及禀报汉王,有些事就酌情处理,等汉王回来再向他汇报。萧何在关中管理户籍人口,征集粮草运送给前方军队。汉王多次弃军败逃而去,萧何常常征发关中士卒,补充军队的缺额。汉王因此专门委任萧何处理关中政事。
萧丞相修筑未央宫,建立东阙、北阙、前殿、武库、太仓。高祖回来,看见宫阙极为壮丽,非常生气,对萧何说:“天下喧扰不安,苦战数年,成败尚未可知,现在为什么要修建宫室豪华过度呢?”萧何说:“正是因为天下没有安定,所以才乘这个时机建成宫室。况且天子以四海为家,宫室不壮观华丽,就不足以显示天子的尊贵和威严,并且也是为了不让后世的宫室有所超过。”于是高祖高兴了。
汉十二年(前195)的秋天,黥布反叛,高祖亲自率军征讨他,多次派人来询问萧相国在做什么。萧相国因为皇上在军中,就在后方安抚勉励百姓,把自己的家财全都捐助军队,和讨伐陈豨时一样。有一个门客劝告萧相国说:“您灭族的日子不远了。您位居相国,功劳数第一,还能够再加功吗?您当初进入关中就深得民心,至今十多年了,民众都亲附您,您还是那么勤勉地做事,与百姓关系和谐,受到爱戴。皇上之所以屡次询问您的情况,是害怕您震撼关中。如今您何不多买田地,采取低价、赊借等手段来败坏自己的声誉?这样,皇上的心才会安定。”于是萧相国听从了他的计谋,高祖才非常高兴。
高祖征罢黥布军队回来,民众拦路上书,说相国低价强买百姓田地房屋数量极多。高祖回到京城,相国进见。高祖笑着说:“你这个相国竟是这样‘利民’!”高祖把民众的上书都交给相国,说:“你自己向百姓们谢罪吧。”相国趁这个机会为民众请求说:“长安一带土地狭窄,上林苑中有很多空地,已经废弃荒芜,希望让百姓们进去耕种打粮,留下禾秆作为禽兽的饲料。”高祖大怒说:“相国你大量地接受了商人的财物,然后就为他们请求占用我的上林苑!”于是就把相国交给廷尉,用镣铐拘禁了他。几天以后,一个姓王的卫尉侍奉高祖时,上前问道:“相国犯了什么弥天大罪,陛下把他拘禁得如此严酷?”高祖说:“我听说李斯辅佐秦始皇时,有了成绩归于主上,出了差错自己承担。如今相国大量地收受奸商钱财而为他们请求占用我的苑林,以此向民众讨好,所以把他铐起来治罪。”王卫尉说:“在自己职责范围内,如果有利于百姓而为他们请求,这确是宰相分内的事,陛下怎么怀疑相国收受商人钱财呢!况且陛下抗拒楚军数年,陈豨、黥布反叛时,陛下又亲自带兵前往平叛,当时相国留守关中,他只动一动脚,那么函谷关以西的地盘就不归陛下所有了。相国不趁着这个时机为己谋利,现在却贪图商人的钱财吗?再说秦始皇正因为听不到自己的过错而失去天下,李斯分担过错,又哪里值得效法呢?陛下为什么怀疑宰相到如此浅薄的地步!”高祖听后不太高兴。当天,高祖派人持节赦免释放了相国。相国上了年纪,一向谦恭谨慎,入见高祖,赤脚步行谢罪。高祖说:“相国算了吧!相国为民众请求苑林,我不答应,我不过是桀、纣那样的君主,而你则是个贤相。我之所以把你用镣铐拘禁起来,是想让百姓们知道我的过错。”
萧何一向不跟曹参和睦,到萧何病重时,孝惠皇帝亲自去探视相国病情,趁便问道:“您如果故去了,谁可以接替您呢?”萧何回答说:“了解臣下的莫过于君主了。”孝惠帝说:“曹参怎么样?”萧何叩头说:“陛下得到合适的人选了!我死也不遗憾了!”
萧何购置田地住宅必定处在贫苦偏僻的地方,建造家园不修筑有矮墙的房舍。他说:“我的后代贤能,就学习我的俭朴;后代不贤能,可以不被有权势的人家所夺取。”
孝惠二年(前193),相国萧何去世,谥号为文终侯。
萧何的后代因为犯罪而失去侯爵封号的有四世,每次断绝了继承人时,天子总是在寻求萧何的后代,续封为酂侯,功臣中没有谁能够跟萧何这种情况相比。
太史公说:相国萧何在秦朝时仅是个文职小官吏,平平常常,没有什么惊人的作为。等到汉室兴盛,仰仗帝王的余光,萧何谨守自己的职责,根据民众痛恨秦朝苛法这一情况,顺应历史潮流,给他们除旧更新。韩信、黥布等都已被诛灭,而萧何的功勋更显得灿烂。他的地位为群臣之冠,声望延及后世,能够跟闳夭、散宜生等人争辉比美了。